長崎市議会第6回定例会（11月議会）では、生活保護費の支給業務を担当する職員が不適正に事務処理をしていた問題に絡み、平成26年度一般会計歳入歳出決算を全会一致で不認定とした。この問題は、無断で上司の印鑑を押して決済文書を不正に作成し、不適正な事務処理で受給者に支給したもので、「組織的なチェック体制が機能していない」、「市民の信頼を失墜するもので認められない」などとして不認定となった。一般会計決算の不認定は戦後5回目で、田上市長就任後は4回目となった。今定例議会は、9月議会に引き続き長崎市職員の業務ミス・不適切な対応などによって、議会運営や委員会審査に影響を及ぼした。
長崎ロープウェイ稲佐岳駅舎増築ほか主体工事の設計と現状の地盤の状況が異なっていたことによる設計の変更に伴う完成期限及び契約金（稲佐岳駅舎工事費2,760万円）を変更し可決した。しかしながら、新病院整備等事業において駐車場建設予定地の雨水渠破損事故による工期の延長等に伴う「地方独立法人長崎市立病院機構中期計画の変更の認可について」は否決された。また、職員による不適正な事務処理等が相次いで発生している責任を取り、来年1月から3月分の給与を減額する条例改正（市長20％、副市長10％、上下水道局長5％）を可決した。市長は不認定を重く受け止め、再発防止・適正な事務処理の徹底に努めてもらいたい。