長崎市議会は、3月2日一般質問終了後「議会運営委員会」が開かれ、追加付議事件について第56号議案「監査委員の選任」、請願の取り扱い、陳情の取り扱い、意見書の取り扱い、特別委員会の設置、政務活動費運用マニュアルなど協議が行われ了承された。政務活動費運用マニュアルについては、政務活動費と他の活動との明確な区別が難しい経費について、政務活動費として認める上限を「4分の3」から「2分の1」に引き下げるマニュアル改定案を了承し、平成29年4月1日から施行する。引き下げられたのは、ガソリン代・タクシー代、広報紙の印刷費やホームページの維持管理費などで、明確に政務活動費と立証できる場合は全額を認める。各議員の政務活動費の具体的支出を示す金銭出納簿は、5月15日以降にホームページで公開することになった。
次に、3月3日7会派代表・一般（個人）質問も終了、3月6日からは各委員会に付託された条例案、予算案など審査が行われる。市民クラブからは、中村議員・西田議員が登壇、「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」について、「本当に禁教期に焦点を当てた推薦書に変わったのか心配している。補完する資産を今から準備すべきと」と指摘し、長崎市は西坂町の「日本26聖人殉教地」に立つ記念館と記念碑や隣接する聖フィリッポ教会を、国の登録有形文化財にすることを再び目指す方針を表明した。また、端島炭鉱（端島）の見学通路の拡充についての質問に対し、長崎市は2018年度から本格的に資産の整備を開始、端島を守る護岸から着手し、炭鉱施設や入坑桟橋の整備を進める。その後、現在立ち入り禁止となっている旧端島小中学校方向へ延びる新たな見学路を設け、情報通信技術を活用し操業時の様子を見られる仕掛けを検討するとの見解が述べられた。