長崎駅周辺においては、長崎駅周辺土地区画整理事業(長崎市)及びＪＲ長崎本線連続立体交差事業(長崎県)、九州新幹線西九州ルートの建設(国)が進められている。長崎駅周辺土地区画整理事業(長崎市)は、JR長崎本線連続立体交差事業により移転される車両基地の跡地などを含めて区画整理を行い、新幹線を含む鉄道施設の受け皿整備を行うとともに、道路や駅前交通広場などの基盤整備と土地利用の転換、有効活用を図り国際観光文化都市長崎の玄関口にふさわしい都市拠点の形成を図るため、尾上町、大黒町、八千代町及び西坂町の各一部を含め、施行面積約19.2ha（土地所有者11人）の整備が進められている。
事業費は約164億円（区域外の街路整備等10億円を含む）、事業期間は平成21年度から平成35年度（15年）、公共施設の計画は都市計画道路4路線（L=1,560m）、長崎駅東口駅前交通広場約15,200㎡・西口駅前交通広場約2,600㎡、多目的広場6,900㎡等が計画されている。現在は、新駅舎西側地区より順次仮換地を指定し、仮換地指定率約38％（平成24年度末）、新駅舎予定地を含む駅西側地区より順次、建物等移転補償･整地工事などが予定され事業進捗率は約6.5％（平成24年度末、区域外街路含まず）の状況となっている。平成26年度の予算は、6億7,600万円が計上され、建物等調査業務（委託料）・工事請負、工作物等移転補償等の整備がされる。