現在、長崎駅周辺においては、長崎駅周辺土地区画整理事業(長崎市)及びＪＲ長崎本線連続立体交差事業(長崎県)、九州新幹線西九州（長崎）ルートの建設(国)が進められている。ＪＲ長崎本線連続立体交差事業(長崎県)は、鉄道の高架化によって東西市街地の一体化及び踏切除去による交通混雑や踏切事故の解消を図るとともに、土地区画整理事業と一体となった長崎駅周辺地区の再整備を行っている。事業主体は長崎県で、松山町～尾上町の約2.5㌔の区間、除去踏切は竹岩橋踏切・梁川橋踏切・宝町踏切・幸町踏切で、事業費は約431億円、事業期間は平成21年度から平成32年度（高架駅への切り替え、平成30年度末予定）、高架化駅は長崎駅（2面5線で整備）、浦上駅（1面2線で整備）となっている。平成26年度の予算は、7億5,225万円が計上され、仮線路工事。長崎駅車両基地再編工事、用地・建物移転補償4件、高架本体詳細設計、土壌汚染調査等の整備が進められる。
次に、九州新幹線西九州（長崎）ルートは、武雄温泉・諌早間の45㌔の建設工事が平成20年3月26日に国土交通省の認可を受け、新幹線鉄道規格新線として整備されている。また、諌早・長崎間の21㌔は、平成24年6月29日に認可を受け、線路規格は標準軌（フル規格）で、事業費約5,000億円（肥前山口から武雄温泉間の複線化を含む）、事業期間は認可の日から概ね10年程度で平成34年頃の開業を目指し建設が進められている。長崎ルートは、佐賀県内の新鳥栖駅・武雄温泉間は在来線を利用するため、車輪の間隔を変えて相互乗り入れできるフリーゲージトレイン（軌間可変電車）が導入される。平成26年度の予算は、事業費負担金として7,100万円が計上され、諫早・長崎間の地質調査・環境調査等、高架橋等詳細設計、新長崎トンネル東工区（現川町から西山台団地付近、L=約3.9キロ）・西工区（西山台団地付近から天神町、L=約3.6キロ）等の整備が進められる。