長崎市議会は、3月6日（金）10時から本会議場において「令和2年3月全員協議会」を開催し、田上市長より「長崎市における新型コロナウイルス感染症対策について」長崎市の対応状況等の説明を受けた。その概要を一部紹介すると、新型コロナウイルス感染症に関する対応状況等については、長崎市保健所の地域保健課内に電話相談窓口（℡：095-829-1153）、長崎市帰国者・接触者相談センター〈℡：095-801-1712〉を設置している。PCR検査(行政検査)は、相談センターで受診調整後に、原則として「帰国者・接触者外来」で診察を受け、「医師が総合的に判断した結果、新型コロナウイルス感染症を疑われる」場合は、医師が検体を採取し、保健所職員が長崎市保健環境試験所に搬入してPCR検査を実施する。
学校関係（小中高）の対応は、3月4日から3月24日まで休校、臨時登校日（卒業式・修了式等）は、時間短縮を図り、来賓者は学校判断とし、児童生徒が多い学校は、保護者の一部及び在校生の出席を見合わせる。特段の配慮を必要とする人は、一人で家庭にいる事が難しいことから、見守る人がいない場合は学校で受け入れる。放課後児童クラブを利用している児童は、放課後児童クラブの利用を可能とする。児童生徒の外出や家庭学習は、不用不急の外出をひかえるよう保護者にお願いし、各学校が学習課題を準備し配布している。放課後児童クラブの開所状況は、市立小学校の臨時休校期間に準じて、夏休み等の長期休暇期間と同様の開所時間で97クラブ開所している。放課後児童クラブの保護者の利用料負担は、国からの要請に基づいており、通常の利用料金以外の追加利用料は徴収しない。
保育所・認定こども園・幼稚園等の対応は、家に1人でいることができない年齢の子どもが利用するものであることや、春休みもないなど学校とは異なるものであることから、感染の予防に留意した上で、通常どおり開所（園）している。保育所等における感染拡大防止策として、①咳エチケット（マスクの着用など）、頻繁な手洗いの励行、手指消毒液の設置、こまめな換気。②物品の受け渡し等は、玄関など施設の限られた場所で行うこととし、事業者に発熱等の症状がある場合は、施設への立ち入りを禁止する。③遠足等のイベント開催は原則中止する、卒園式は、現時点で式典全体の時間短縮（在園児及び来賓者の参加取りやめ、祝辞の割愛等）を図り、実施することとしている。イベント関係は、①市民の生命、健康、生活に対する影響がおおきいもの等、特に緊急性・必要性が高いもの、かつ、②この時期に実施することが必要なものを除き、延期または中止を前提として判断することとする、との説明があった 。