長崎市議会平成29年第5回定例会は、12月12日（火）13時から本会議が開かれ、市長より「第151号議案長崎市の小島養生所等遺跡の完全保存に関する住民投票について」、住民投票条例制定の直接請求について「反対」すべきとし、請求に対する考え、請求の要旨に対する考え、本条例に対する考えについて意見が述べられ議会に提案された。請求の要旨は、旧長崎市立佐古小学校に従来存在し、発見された現存する養生所等遺跡について完全な調査と保存を行い、当該遺跡地における開発行為である学校建設工事と外周道路拡幅建設工事を行わないことに対する賛否を問う、住民投票を実施するための条例制定を請求するものである。さる11月27日署名簿の審査結果の告示が行われ、請求に必要な市内有権者の50分の1〈約7,200人〉を越える15,776人分の署名となっている。
田上市長は条例案に付けた意見書で、長崎市は旧佐古小学校敷地における全面的な発掘調査の結果及び地元住民との6年間の協議経過などを総合的に勘案し、遺跡の保存も学校建設も重要な市の責務としてとらえ、それぞれ最大限の成果を求めて両立させることを目指す方針であること。学校建設を契機に、地域の防災性・安全性の向上や地域のまちづくりの観点から、旧佐古小学校用地を活用し、緊急車両などが通行できる周回道路を整備する必要があるため、外周道路拡幅建設工事を実施すること。以上のことから、住民投票条例の制定については「反対」すべきであると判断していると、請求に対する見解を示した。市議会は条例案を教育厚生委員会に付託し、本日（12月13日）10時から市民団体の代表を招き、意見を聞いた上で条例案は採決される。