平成28年第5回長崎市議会定例会は、11月25日から12月14日までの20日間の日程で開催された。補正予算の概要は、一般会計の平成27年度決算剰余金を積み立てる財政調整基金、新市庁舎建設事業費など一般会計補正予算68億2,123万5千円や、特別会計補正予算4億1,748万4千円、公営企業会計補正予算▲1,048万4千円の総額72億2,823万5千円が上程され可決した。なお、新市庁舎建設事業費関連の一般会計継続費（▲2億7,700万円）、企業会計継続費の水道負担金（▲855万9千円）・下水道負担金（▲570万6千円）は減額修正となった。
条例改正では、建物の老朽化、耐震性の不足等により市役所を建替えの位置を変更する「長崎市役所の位置を定める条例の一部を改正する条例」、「公の施設の指定管理者の指定について」、市立病院機構が運営する病院名を「長崎みなとメディカルセンターとする定款の変更」など77議案を可決・同意した。しかしながら、交通遺児教育手当を廃止する「長崎市交通遺児教育手当を廃止する等の条例」は、全会一致で否決された。また、「長崎市の旧公会堂の解体中止と再使用に関する住民投票について」は、議長を除く記名投票の結果、賛成12、反対27で条例案を否決した。