長崎市議会議会運営委委員会は、5月20日（金）10時から議会第1応接室において「議会運営委員会」を開催した。協議事項は、平成28年第2回長崎市議会臨時議会における「長崎市庁舎の建設地に関する住民投票条例について」、「専決処分の報告」などを付議事件とし、5月25日（水）10時から臨時議会を開くことを申し合わせた。議案の内容は、住民投票条例制定の直接請求について、地方自治法第74条第1項の規定に基づき条例制定請求が行われたので、同条第3項の規定により市長の意見を附けて議会に付議する必要がある。請求要旨は、市庁舎について、県が建設を予定している施設などとの複合型施設として、県庁跡地に建設することへの賛否を問う、住民投票を実施するための条例の制定を請求するもので、県庁跡地は決定打といえる利用方法が打ち出されておらず、利用頻度の低いものになりかねないなどの請求理由が述べられている。
この請求を受けて、田上市長は「住民投票の条例制定に反対する」意見書を提示した。意見書は反対理由として、①市庁舎の建替え場所は中心市街地の活力の向上や交通の利便性など様々な点を多面的に評価・検討し決定した。②県庁舎跡地の活用は3つの方向性（多目的広場、交流・おもてなしの空間、質の高い文化芸術ホール）が示されている。③市庁舎の建替えと県庁舎の跡地の活用は県民、市民、議会の意見を聞き慎重に検討を重ねた経過があるなどしている。また、市民の安全・安心、県・市の二重投資の防止、市内各地からの行きやすさの請求の要旨に対して、各項目において事実に即していないものや認識に誤りがある点など見受けられるとしている。臨時議会は5月25日の１日間、意見書と条例案を総務委員会に付託し審査される。