長崎市新市立市民病院は、平成24年2月に工事を着手、平成26年2月第Ⅰ期棟の建設工事（地下2階・地上8階建て）が完成し、新しくなった総合受付・手術室エリア、北病棟・南病棟、病床数364床、ヘリポートなどを備え、新病院名称は「長崎みなとメディカルセンター 市民病院」として、さる2月24日に開院しました。新市民病院の主な医療は、救命救急医療、高度急性期医療（脳血管疾患医療・心疾患医療・がん医療）、周産期医療、政策医療（災害医療・結核医療・感染症医療など）で、充実した医療と治療の幅を広げるため、ヘリポートの整備、心臓血管外科の新設、ハイブリッド手術室の整備、最新鋭放射線治療機「サイバーナイフ」の導入（小さな腫瘍に放射線を当て手術をせずに治療が出来る）、脳神経外科の手術等、医療機能が整備されました。
現在、市民病院建物の解体工事に着手し、平成26年8月より第Ⅱ期棟の建設工事（地下1階、地上4階）、「駐車場棟」の建設工事が始まり、平成28年5月1日に全面開院となる予定です。病床数は513床（結核病床13床含む）、敷地面積11,018㎡、病院述べ床面積40,600㎡、年間延べ入院患者数16万人、年間延べ外来患者数20万人を見込み、駐車場棟は地上5階で350台収容となっています。新市立病院建設に係る総事業費は、197億円（用地費26億9千万円、病院建設費111億2千万円、医療機器類35億円、その他経費23億9千万円）で、新市立病院が担う主要な機能（領域）は、救命救急医療の実施、3大疾病（がん・心疾患・脳血管障害）など高度・急性期医療、産期医療、災害医療、結核医療などの政策医療を行なう事にしています。