長崎駅周辺では、令和4年9月23日西九州新幹線の開業、長崎駅の新駅舎、JR九州の新駅ビルの整備が行われ、100年に一度といわれるまちづくりの変革期を迎えている。これまで、JR長崎本線(浦上~長崎間)の高架化が令和2年3月完成し、長崎駅の新駅舎(在来線)が開業した。令和3年11月に出島メッセ長崎が開業、新型コロナ感染症の影響はあったものの、開業後1年間の誘致状況は、利用者目標の約61万人に対し約104%(令和4年5月16日現在)で推移し、国内外から多くの人を受け入れ、交流拠点となっている。JR長崎駅改札口の正面に、賑わいと交流の拠点「長崎街道かもめ市場」が3月18日にオープン、商業施設では長崎初となる「かもめ横丁」が賑わっている。
9月23日に開業する西九州新幹線(長崎~武雄温泉間)は、線路延長約66㎞をフル規格(標準軌)で整備し、武雄温泉駅で博多・武雄温泉間を運行する在来線特急列車と同じホームで乗換えを行う「対面乗換方式」で運行される。博多・長崎の所要時間は最速1時間20分で、現行の特急より約30分短縮される。開業を契機に、観光面での経済効果や生活の利便性向上などに繋げる必要がある。また、JR九州は駅周辺の拠点となる「新長崎駅ビル」の概要を発表、商業、ホテル、オフィス、駐車場などの複合ビル(高さ約60㍍)の建設工事がスタート、全面開業を2023年秋(令和5年)に予定している。東口駅前交流広場・多目的広場の整備は、2025年(令和7年)完成を予定している。