長崎市議会は5月13日「令和2年第2回長崎市議会臨時会」を開き、「長崎市における新型コロナウイルス感染症対策について」の行政報告、令和2年度長崎市一般会計補正予算（第5号）の新型コロナウイルス感染症緊急経済対策費総額20億5,683万2千円が上程され、全会一致可決した。条例改正は、地方税法の一部改正に伴う長崎市税条例の一部を改正する条例など2件、専決処分について報告10件を承認・同意した。補正予算の概要は、新型コロナウイルス感染拡大を受け、4月に発表した小売業や飲食店（最大30万円）、宿泊事業者（最大300万円）などに給付金を支給する「事業持続化支援金」の対象を、市内全事業者に最大30万円、個人事業者に最大15万円を支給するもの。申請は国の事業持続化支援金の対象とならなかったすべての業種について、前年同月比で売上げが20％以上50％未満減少している事業者を対象とし、5月中旬から原則郵便で申請を受け付ける。事業持続化支援金の事業費は、17億7,7629万円となっている。
このほか、病児・病後児保育施設において保育施設などのマスクや消毒液の購入と、民間保育所等に対し購入する経費の一部補助費4,557万2千円、特別支援学校等の一斉臨時休校に伴い、放課後等ディサービス利用の増加分に対し障害児通所給付費1,827万円、障害児福祉サービス等事業所における感染予防に必要な障害児のため小型マスクや消毒液の一括購入する衛生用品等緊急調達費1,240万円など8,054万２千円、感染症拡大防止対策等に対応する予備費２億円が可決された。市税や水道料金などの納付が困難な人を対象に、３月27日から実施している納付猶予については、学校給食費や保育料、市営住宅使用料なども猶予対象としている。また、条例改正を要しない分について、厳しい経営環境にある中小事業者等に対して、売上高の減少率に応じて償却資産及び事業用家屋に係る固定資産税及び都市計画税の課税標準を2分の1またはゼロとする。（売上高30％以上50％未満減少：2分の1、売上高50％以上減少：ゼロ）施行日は令和3年度の課税分が対象となる。臨時会では、本会議の出席理事者を制限、出席議員を一時約半数にするなどの感染対応対策がとられた。