平成29年第3回長崎市議会定例会は、9月1日に開会し9月25日までの25日間の日程で開催された。最終日の開会冒頭、田上市長より「9月20日に開かれた核兵器禁止条約署名式に出席し被爆地が条約を強く支持していることをアピールできた。今後とも核兵器のない世界の実現に向けて全力で取り組む」との行政報告が行われた。補正予算は、放課後児童クラブに係る運営費等の助成費約1億5100万円、稲佐山公園スロープカー整備費9,146万円、小学校要保護及び準要保護児童就学援助費6,342万円、共同生活援助事業所（短期入所事業所併設）施設整備費3,086万円など一般会計補正予算5億7,597万円、特別会計1億2,388万円の総額6億9,985万円が承認された。
条例改正では、黒崎中学校を廃止し新たに中学校を設置する条例の一部改正、本市とオランダ王国ライデン市との間における姉妹都市の提携についてなど、製造の請負契約の締結について（長崎市科学館展示室リニューアルに伴う展示物製造）は入札制度全般の見直しの検討を求め付帯決議を付けた。工事の請負契約の締結について（仁田佐古小学校建設特殊基礎工事）は日本初の西洋式近代病院「小島養生所」遺構の保存問題で、現地で新たな関連遺構が発見されたため追加の調査結果を待つべきとし学校建設を始める議案を継続審査にしたと中間報告した。また、朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）に対する日本政府の厳正な対応を求める意見書・決議等採択した。併せて、平成28年度各会計決算議案15件が閉会中の各常任委員会に付託された。