長崎市新庁舎については、平成23年2月に耐震化方針として建替えを行なうことを決定、平成25年1月建替え場所を公会堂および公会堂前公園敷地とすることを決定している。新たな新庁舎の在り方・機能などは、平成23年度に「市庁舎建替えに関する市民懇話会」を、平成25年度に「新庁舎建設基本計画検討市民会議」を設置し意見を聞き、市議会においても平成23年度より特別委員会において議論・検討を行なってきた。これらをもとに、「市民に親しまれ、つながりの拠点となる庁舎」「まちの活性化に貢献する庁舎」「人と環境にやさしい庁舎」「市民の安全・安心な暮らしを支える庁舎」「市民へ円滑なサービスを提供し、効率的な事務が行なえる機能的な庁舎」「経済的で柔軟性のある庁舎」の目指すべき姿を盛り込んだ長崎市新庁舎建設基本計画が策定された。
基本計画の概要は、基本的考え方として、周辺庁舎も含めた所属の1棟集約、市民の利便性向上、業務環境の改善、市民と行政、市民と市民の結節点としての機能充実に必要なスペース確保、防災拠点として必要な性能、機能を確保する。基本条件は、建設場所に長崎市魚の町4－1および4－100、面積6,600㎡で建ぺい率80％、容積率600％、用途地域は商業地域、職員数は約2,140人（内正規職員約1700人）。建設規模は、床面積52,300㎡で機能積み上げによる必要面積46,000㎡程度、駐車場部分6,300㎡（180台程度）。事業手法は、設計、施行分離発注方式。事業費は、205億円程度（周辺道路整備等関連事業費、消費税8％含む）、財源は基金積立150億円（目標）、起債等55億円（市民公募債含む）となっている。事業スケジュールは、平成26年度から基本設計に入り、平成31年度完成を目指すとしている。