新西工場整備運営事業については、さる9月議会の経済環境委員会において長期の安全･安心稼動、経費の節減という観点から市の関与が深いDBO方式（公設民営）での建設及び運営に係る債務負担行為（議会の議決により予算の内容の一部として契約等で発生する将来の一定期間、一定限度の支出負担枠を設定すること）の審査が行われました。新西工場の概要について、①処理能力は日量240トン（120トン×2炉）②事業方式は施設整備（建設）と長期運営（維持管理）を併せて委託するDBO方式③処理方式は全連続燃焼ストーカー炉④建設場所は神の島町3丁目（西部下水処理場敷地内）⑤供用開始は平成28年10月を予定⑥債務負担行為限度額は整備費120億円（建設、平成25年～28年）、運営費82.5億円（維持管理15年×5.5億円）合わせて限度額は202.5億円となっています。
債務負担行為設定の理由として、現在DBO方式（公設民営）の手続きに必要な各種文書等の作成を行っており、平成24年10月に本事業の「実施方針の公表」及び12月に入札公告を行い、平成25年9月の事業者との本契約を予定しているため、予算措置の裏付けとして設定が行なわれた。また、整備費(工事費)の中には、ボイラー水管取替等の15年から20年に1回必要な大規模な「基幹改良工事(施設整備事業)」は含まれず、事業期間終了時の劣化度に応じ別途長崎市が対応する。地元との協議は、新西工場建設について地元の小榊連合自治会と環境保全協定（排ガスの協定値等）及び覚書(地元地域の環境整備等)を平成24年7月8日締結した。新西工場建設に係るその他の費用については、参考ながらも用地取得費等約12億円(平成25年度当初予算計上予定)、地元小榊連合自治会との覚書に基づく地域環境整備費約15億円（平成25年度から29年度整備予定）となっています。