長崎市は、5月22日新型コロナウイルス感染症対策本部会議を開き、感染拡大に伴う臨時休校で生じた学習時間の不足を補うため、夏休み（7月21日～8月31日）期間に、全市立小中高で授業日を設けることを決定した。一斉臨時休校（3月4日～3月24日及び4月22日～5月10日）により生じた「学習が十分でない部分」の学びを保障するために、次の要領で夏季休業中に授業を実施する。小学校の授業日は、7月21日～31日の7日間、市内全小学校「学校単位」で実施し、8月3日～8月7日・8月24日～8月31日の期間は、各小学校の実態に応じて「学校単位」又は「学年単位」で実施する。中学校の授業日は、7月21日～8月4日の7日間（7月27日・28日は夏季休業日とする）、市内全中学校「学校単位」で実施し、8月5日～8月7日・8月27日～8月31日の期間は、各中学校の実態に応じて「学校単位」又は「学年単位」で実施する。長崎商業高校は、7月21日・22日及び8月27日～8月31日までの5日間、「全校」で実施するとしている。
次に、長崎市中学校総合体育大会は、5月18日の長崎県中学校総合体育大会の中止発表を受け、6月13日から15日に予定されていたが、7月25日（土）～27日（月）に延期し、無観客試合とするなど新型コロナウイルス感染症拡大防止策等を実施して開催することになった。なお、感染の状況や天候の状況、各競技団体の対応状況により7月25日からの大会が開催出来ない場合は、本年度の市中総体は中止となる。部活動は、臨時休校が解除になった5月11日から、校内での活動に制限していた活動を再開し、6月1日から県内に限って、宿泊を伴わないことを条件に、対外試合等の制限を解除することとしている。各教科等に関する指導は、感染拡大防止の観点から、当面の間、音楽科における狭い空間や密閉状態での歌唱指導や身体の接触を伴う活動等、年間の指導計画等を変更するなど工夫して対応される。長崎市独自の事業持続化支援金については、小売・飲食店（最大30万円）は申請件数3,035件に対し、1,836件5億4,822万2,103円支払い済、宿泊事業者の申請件数は70件に対し、60件1億1,022万.3,000円支払い済など、申請受付等の状況が報告されている（令和2年5月21日現在）。