長崎市議会総務、教育厚生、環境経済、建設水道委員会は、12月6日(木)10時から各議案の審査が始まった。総務委員会では、若年層と高齢層における給与格差の是正、医療職及び現業職の給与水準の引き上げ、職務・職責に応じた人事・給与制度の見直しなど、平成29年人事院勧告に基づき国家公務委員の給与が改定されることに伴い、本市の一般職の職員等に関しても同様に改定する第123号議案・第150号議案の「一般職の職員の給与に関する条例等の一部を改正する条例」、「公の施設の指定管理者の指定について（長崎市琴海さざなみ会館・長崎市琴海南部しらさぎ会館）」の審査を行い、4議案を可決した。
しかしながら、第121号議案「長崎市事務分掌条例の一部を改正する条例」は、全会一致で否決された。改正の概要は、新たな行政課題や多様化する市民ニーズに迅速かつ的確に対応し、効果的に業務を推進するための管理執行体制の構築を図るもので、市長直属の組織である秘書課を総務部へ、広報広聴課を企画財政部へ移管する内容である。10月1日付け行政サテライト再編で組織の抜本的改正でスタートしているなかで、来年４月１日付けの組織改正案であること、質疑の中で市長直属から部へ配置することに対するメリット・デメリットを求めたが、理解に苦しむものであった。具体的事例をあげての説明不足、組織改正における効果・成果の検証不足、市議会への説明不足など指摘するとともに、今後、庁内の十分な連携を図ることを要請し否決した。