長崎駅周辺においては、九州新幹線西九州ルートの建設計画(国)、ＪＲ長崎本線連続立体交差事業(長崎県)及び長崎駅周辺土地区画整理事業(長崎市)が進められている。西九州ルートによる新幹線駅舎と連続立体交差事業による在来線駅舎の整備による広域交通拠点としての、新しい玄関口形成のため土地区画整理事業により、都市基盤施設を整備し総合的なまちづくりが行なわれている。西九州ルートは、武雄温泉・諌早間の45㌔の建設工事が平成20年3月26日に国土交通省の認可を受け、新幹線鉄道規格新線として整備されている。また、諌早・長崎間の21㌔は、平成24年6月29日に認可を受け8月18日「諌早・長崎間建設工事起工式」を行ない、10年後の平成34年頃の開業を目指し建設がスタートしました。長崎ルートは、佐賀県内の新鳥栖駅・武雄温泉間は在来線を利用するため、車輪の間隔を変えて相互乗り入れできるフリーゲージトレイン（軌間可変電車）が導入される。
ＪＲ長崎本線連続立体交差事業(長崎県)は、鉄道の高架化によって東西市街地の一体化及び踏切除去による交通混雑や踏切事故の解消を図るため、松山町～尾上町の約2.5㌔の区間（竹岩橋踏切・梁川橋踏切・宝町踏切・幸町踏切）が平成32年度完成を目指し整備されています。現状は、鉄道高架施設や仮線設置のための用地買収を行ない、車両基地の早岐駅への移転工事、鉄道高架施設の詳細設計が予定されている。
次に、長崎駅周辺土地区画整理事業(長崎市)は、JR長崎本線連続立体交差事業により移転される車両基地の跡地などを含めて区画整理を行い、新幹線を含む鉄道施設の受け皿整備を行うとともに、道路や駅前交通広場などの基盤整備と土地利用の転換、有効活用を図り国際観光文化都市長崎の玄関口にふさわしい都市拠点の形成を図るため、約19.2ha（土地所有者11人）の整備が進められています。現状は、新駅舎西側地区より順次仮換地の指定、移転補償･整地工事などを実施（新駅舎予定地を含む駅西側地区から順次施行）、長崎駅東口･西口駅前交通広場等基本計画が策定されています。駅舎は、現在地より約150ｍ西側(浦上側)に移り、空いた場所にバスやタクシーの乗降場、多目的広場が設けられる予定です。長崎ルートの決定で、今後、駅周辺のまちづくりが本格化し、新幹線効果で交流人口の増加、定住人口の増加が期待されます。