令和7年長崎市議会第3回定例会は、6月9日から6月26日までの18日間の日程で開かれた。補正予算は、市立保育所の民間移譲に係る幼保連携型子ども園の整備に対する補助金、生活保護費の扶助費増額、宿泊税見直し検討の観光・MICE戦略推進費、長崎商業高等学校における教育ICT推進費など。一般会計補正予算総額3億９9,996万8千円、国民健康保険事業費132万7千円、下水道事業費437万3 千円を可決した。条例改正は、長崎市行政手続きにおける特定個人情報の提供に関する条例の一部改正など。工事の請負契約の締結について（長崎ブリックホール大ホール吊物バトン駆動部更新工事）、工事の請負契約の締結について（三原団地公営住宅新築主体工事）、財産の取得について（機械式ゴミ収集車、消防ポンプ自動車、高度救命処置用資機材）など購入するものなど。
また、今月末で退く功刀（くぬぎ）岳秀副市長の後任に、総務省自治行政局公務員部公務員課女性活躍・人材活用推進室長の渡部貴徳氏を充てる人事に同意した。功刀副市長は退任挨拶で、「地方自治の知見･経験を活かし長崎の2年間は人に恵まれこと、100年に一度の大変革に立ちあえたことに感謝。人口減少に直面する長崎市を応援したい、二元代表制のもと市民のため頑張ってほしい」との挨拶があった。併せて、鈴木市長は､情報漏えいなど市職員の不適正な事務処理が相次いでいるとして陳謝、市長･柴原副市長の7月分給料を減額する条例改正など、人事２件、予算5件、条例8件、その他15件、報告18件を可決・同意した。また、「女性差別撤廃条約選択議定書の速やかな批准を求める意見書」、「被爆80周年の決議」を全会一致で可決した。
