平成31年度当初予算編成の基本方針は、今後、少子・高齢化が進展するなか、人口減少が進むなか子育て支援や高齢者支援などの市民サービスに対応しながら、将来にわたって健全な財政運営を行うために「人口減少の克服」と「交流の産業化」による長崎創生に向けた取り組みを加速するとともに、「次の時代の長崎の基盤づくり」など、未来への投資に繋がる施策を着実に推進していく必要がある。今年の4月が市長選・市議会議員選挙のため、これまで取り組んできた継続事業を中心とした骨格予算を基本としているが、新たに行う政策的な事業においても、緊急を要する安全対策に係る事業、年度当初から実施しなければ市民生活に支障がある事業、国・県、関係団体等との連携した実施が必要な事業などについては、当初予算に計上している。
一般会計当初予算の概要は、2,132億3千万円で前年度比88億円（4.3％）増となっている。歳入における市税は、前年度と比較して約8億6千万円（1.6％）増の549億2,470万1千円、地方交付税と臨時財政対策債は前年度比8,000万円（0.1％）減、国庫出金は約3億円（0.6％）減、市債（臨時財政対策債を除く）は約54億9千万円（43％）増で、これは防災行政無線デジタル化事業や新庁舎建設事業に係る借入金が約37億4千万円となったことなどによるもの。歳出では、人件費約4億8千万円（1.7％）減の272億3,627万９千円、扶助費は約４億6千万円（0.6％）増の827億4,255万9千円、公債費は0.3％減の219億5,706万円、投資的経費は287億3,423万9千円となっている。借金にあたる市債残高は2,624億1，247万円で、市民１人あたり62万2千円となる見込みとなっている。