平成27年第5回長崎市議会は、10月5日(月)10時から市議会議会棟において「臨時会」を開催し、出島復元工事発注ミスによって本年度新たに必要になった1,390万9千円の補正予算(第4号)、債務負担行為1億1,024万3千円を可決した。本臨時会冒頭、さる9月18日に選任された加藤邦彦副市長より「将来の長崎の形を決める大事な時期。長崎らしさ、暮らしや雇用を守り市政発展のため頑張って行く」との挨拶があり、その後、田上市長より「市側のミスによる議案の提案になった事に対しての謝罪と再発防止に向けて取り組む」との話があった。
補正予算案は、総務委員会・環境経済委員会に付託され審査された。予算案の内訳は、市が計算方法を誤り実際より低い工事費で2社に発注した事に伴う増額分や、受注した2社のうち1社が倒産し工事中断したことによるやり直しの工事費など。環境経済委員会では、積算ミスによる影響、処分と減給、市長自らの対応、技術系職員の人材育成、職員のミスを税金で対応することなどの質疑が行われ、市側のチェック体制の甘さを指摘、市のミスを公金で負担することを真摯に受け止めるべきなどと猛省を求め、一日でも早く工事を完成させ市民の信頼回復に努めてほしいとの要望が出された。