長崎市は、5月26日に「第1回新型コロナウイルス感染症対策会議」を開き、長崎市新型コロナウイルス感染症対策本部の廃止、緊急事態宣言の解除および移行期間の対応、市主催イベント等の取り扱いなど、対応方針を示した。感染症対策本部の廃止は、さる5月25日に国が緊急事態宣言を解除したことにより、法の規定に基づき「長崎市新型コロナウイルス感染症対策本部」を廃止した。しかしながら、今後は感染者数が再び増加に転じる第2波が想定されており、その対応のため引き続き庁内の情報交換及び連絡調整が必要であることから、法に基づかない任意の「新型コロナウイルス感染症対策会議」を設置した。国の基本的方針は、「新しい生活様式」の定着等を前提として一定期間の移行期間を設け、外出自粛や施設の使用制限の要請等を6月1日、6月19日、7月10日からそれぞれ緩和する。
外出自粛は、5月31日までは都道府県をまたぐ不要不急の異動は避け、6月18日までは5都道府県(北海道、埼玉、千葉、東京、神奈川)の移動は慎重に、6月19日以降は都道府県をまたぐ観光振興などに取り組む。また、催物(イベント等)の開催制限を段階的に緩和するとし、引き続き事業者に対して在宅勤務(テレワーク)、時差出勤等人との接触を低減する取り組みなど働きかけるとしている。市主催イベント等の取り扱いは、国の方針に基づき、6月18日まで屋内の場合は100名以下・収容定員の半分以下、屋外の場合は200名以下・人の距離(2ｍ目安)確保。6月19日から7月9日まで屋内の場合は1,000名以下・収容定員の半分以下、屋外の場合は1,000名以下・人の距離(2ｍ目安)確保。7月10日から7月31日まで屋内の場合は5,000名以下・収容定員小半分以下、屋外の場合は5,000名以下・人の距離(2ｍ目安)確保。8月1日以降は屋内の場合上限無し・収容定員の半分以下、屋外の場合は上限無し・人の距離(2ｍ目安)確保としている。