平成28年第2回長崎市議会臨時会は6月25日開催され、第76号議案「長崎市庁舎の建設地に関する住民投票条例について」総務委員会に付託され審査されたが、閉会中の継続審査となった。また、平成28年第3回長崎市議会定例会は、6月10日に開会し6月29日までの20日間の日程で開催された。6月10日開会日、継続審査となっていた「長崎市庁舎の建設地に関する住民投票条例について」、総務委員会委員長より否決した審査結果が報告された。討論では「市は市庁舎を公会堂跡地に建て替える方針を決めており混乱を招く」「市民が将来を考えて行動した声を聞くべき」などの意見があり、議長を除く記名投票の結果、住民投票条例案に賛成は9、反対は30で条例案は否決された。
一般会計補正予算は、旧公会堂解体費9,728万円、長崎びわ産地再生施設費4,200万円、民間保育所施設整備助成費1億5,023万9千円が減額され9億8,821万円、特別会計予算（後期高齢者医療事業）1,916万1千円の総額10億737万1千円に修正可決された。条例改正では、小榊小学校の移転に伴う位置変更と黒崎東小学校を廃止し、新たな小学校を設置するのに伴い名称及び位置を定める「長崎市立小学校条例の一部を改正する条例」、「財産の減額譲渡について」等を可決した。また、「未来を担う子どもたちの教育を守る義務教育費国庫負担制度の堅持を求める意見書」「オバマ米国大統領の広島訪問を受け、被爆地から核兵器廃絶と世界恒久平和の実現への決意を表明する決議」を採択、議員派遣は9件の派遣を決定した。