長崎市の指定管理者は、令和2年2月現在で151施設、95施設は公募による指定管理者となっている。そのうち、利用料金制の指定管理者は、151施設のうち55施設が利用料金制を適用している。利用料金制の対応は、施設の使用料等を直接指定管理者の収入とすることで、指定管理者のやる気を促し、指定管理者によるサービスの向上につなげることにより、施設の効用が高まるとの考えから、積極的に利用料金制の適用が進められている。しかしながら、新型コロナウイルスの感染症拡大防止のため施設の閉鎖等を行ったことにより、完全利用料金制の施設の指定管理者の収入などが大幅に減少した。指定管理者の施設閉鎖に伴い、環境経済委員会では売上げ影響額相当を支出する議案審査が行われた。
新型コロナウイルス感染症感染拡大の観光への影響は、グラバー園や出島など市内9の市有主要観光施設の2月から5月の入場者数が、約29万９千人にとどまり、前年同期比約92万4千人減少している。今議会の対象施設については、一般会計より観光施設の出島運営費8,314万2千円（概算6か月分）、観光施設事業特別会計繰出金として1憶4,610万3千円（概算6か月分）で、グラバー園運営費に1億604万7千円、ロープウェイ事業運営費4,005万6千円を財源として繰り出すもの。また、駐車場事業特別会計繰出金として1,290万7千円を、松ヶ枝町駐車場・平和公園駐車場（地下）の指定管理者に対し、影響額相当を補償（概算5か月分）するとし、委員会では可決している。今後も、新型コロナウイルスの影響により、利用料金制を適用している指定管理者への繰出金が必要となる。