新型コロナウイルス感染症が世界的・国内的に大流行して、感染のピークは数字的には減少傾向にあるが、政府は5月4日緊急事態宣言を全国で5月末まで延長された。緊急事態宣言延長に伴い、政府方針が改定されたのを踏まえて、長崎県では5月5日対策本部会議で、休業の協力要請について一部の事業者を除き予定通リ昨日（6日）から解除されている。中村県知事は、休業要請の解除について、「県内の経済状況は極めて厳しい、感染予防対策を講じた上で一定再開してよいと判断した」と説明した。一方、接客を伴う飲食店を含む遊興施設など約2,000事業者には5月20日までの休業延長を求め、県境を越える帰省や旅行、離島地域への訪問を引き続き自粛するよう求めている。臨時休業中の長崎歴史文化博物館など、県の施設は感染防止対策を徹底した上で5月25日から利用を再開するとしている。10日まで休校中の県立学校については、県本土地区の高校、中学は11日から25日まで分散登校をするなど、段階的に教育活動を再開し、25日から通常に戻る。
また、長崎市は国・県の対応方針を踏まえ、5月5日新型コロナウイルス感染症対策本部会議を開き、クルーズ船の対応状況、新型コロナウイルス感染症対策専門家会議の提言、小・中・高等学校の対応、子ども関連施設及び事業の対応、公の施設の対応、市主催イベント時の対応など協議を行っている。長崎市立学校は、感染リスクを可能な限り低減させる措置を取った上で、5月11日（月）から再開するとし、部活動・学校給食についても再開する。放課後児童クラブ（学童）は、5月11日から放課後の通常の受入れ体制による開催時間にて再開する。その他の子ども関連事業は、各青少年育成協議会による行事、少年補導員補導活動、お遊び教室などは5月31日まで休止が延長される。公の施設は、グラバー園・ロープウェイ等の観光施設は5月24日まで休館、その他市民の利用に供する施設（ふれあいセンター等）は、原則5月11日から利用再開となる。