平成28年第4回長崎市議会定例会は、9月1日から21日までの21日間の日程で開催された。今議会の補正予算は、旧ながさき式見ハイツの耐震補強工事費3,040万円、1・2歳の乳幼児に対するＢ型肝炎予防接種費2,744万円、多言語版の交通マップ及び観光交通案内ホームページ作成費1,388万8千円、ランタンフェスティバルの特別イベント及び点灯時間延長に伴う負担金158万7千円など一般会計予算13億5,679万円や、特別会計予算3億3316万4千円が上程され、条例改正では市立の小・中学校の適正な規模及び配置に関する重要事項を長崎市立学校通学区域審議会において調査審議する「長崎市付属機関に関する条例の一部を改正する条例」、本市における産業の振興及び雇用機会の拡充を図るため、奨励金の交付額、交付対象期間等を見直す「長崎市企業立地奨励条例の一部を改正する条例」など28議案を可決・同意した。
また、さる9月9日の本会議では、第123号議案「長崎市公会堂の解体中止と再使用に関する住民投票条例について」、環境経済委員長より「再使用を求める期間が一時的なのか、永続的なのかが不明確とし、住民投票を行っても民意を図ることが出来ない」などと理由を説明し、記名投票の結果、原案賛成９、原案反対30で条例案を否決した。9月21日の本会議では、第117号議案「工事の請負契約の締結について（旧長崎市公会堂解体工事）」、環境経済委員長より「市公会堂の解体工事で業者と契約を結ぶ議案は市の規定を守らずに発注していた」などの理由で否決したとの審査報告があり、「発注基準に基づかない不明瞭な入札で、議会や市民に不誠実なやり方である」など討論が行われ，全会一致で否決した。併せて、平成27年度各会計決算議案15件が閉会中の各常任委員会に付託された。