長崎市議会平成30年第3回定例会（9月議会）は、9月3日に開会し9月21日までの19日間の日程で開催された。長崎市がJR長崎駅西側で計画している交流拠点施設（MICE）の整備・運営を担う予定の特別目的会社と事業実施の正式契約を結ぶ議案について、賛成26、反対12で賛成多数で可決された。施設整備費は約216億円、来年8月に着工し、2021年11月開業予定となっている。主な補正予算案は、小・中学校や市施設の危険なブロック塀を撤去・フェンスに取り換える対策費に1億2,700円、小・中学校教職員の長時間労働是正に向け業務処理を効率化する校務支援システムの導入費4,600万円、車みち整備事業費6,400万円、銅座町松が枝町線（銅座工区）整備費2億7,630万円など一般会計補正予算11億122万円、特別会計1億6,332万円が可決された。
条例改正では、生徒数が減少している市立式見中学校を2019年度末に閉校し、近隣の市立小江原中学校へ統合する「長崎市立中学校条例の一部を改正する条例」は、賛成33、反対６で可決され、地域コミュニティ連絡協議会の認定等に関し必要な事項を定める「長崎市地域におけるまちづくりの推進に関する条例」は継続審査となった。工事の請負契約の締結について（長崎市防災行政無線デジタル化整備工事）、工事の請負契約の締結について（仁田佐古小学校建設主体工事（2））など条例11件、予算6件、人事2件、その他8件、報告4件を可決・同意した。また、議員提出の「吉原日出夫議員に対する辞職勧告決議について」は、政務活動費の新たな不正受給が9月20日に発覚し、昨年の6月、今年6月に続き3回目の“辞職勧告決議”を全会一致で可決した。